Le Cellier vient du latin "cellarium" (garde manger ou cave à vin).

Le bourg du Cellier se trouve à l'origine au lieu-dit Vendel, placé entre les forteresses de Château-Guy et de Clermont.
Il y avait au Cellier un monastère du nom de Montclair, construit vers 600 par l'abbé de Saint-Méen. Ce monastère fut détruit par les Normands au IXème siècle. En 1132 fut fondé le prieuré de Saint-Méen, par le baron de Retz. C'est à proximité de ce prieuré que fut construit au XVème siècle le premier château de Clermont. La première église du Cellier fut bâtie en l'an 1000. 

En la paroisse du Cellier, le seigneur d'Oudon possédait jadis : "la forest du  Cellier qui contient grand nombre de bois avec chasse à grosses bestes tant noires que rousses ; et toutes fois que ledit seigneur fait assigner la chasse les manants de la paroisse de Cellier sont tenus faire la hue dans ladite forest ; - le domaine et herbregement de la Pégerie à l'orée de ladite forest du Cellier, ô ses fossez, estang, garennes et jardins ; - l'estang de Teillay dans ladite forest du Cellier ; - la métairie du Boisrégnier ; - le moulin à vent du Cellier, etc ..." (Déclarations d'Oudon en 1550 et 1680).

Durant la Révolution, l'une des îles situées à proximité du village du Cellier est le théâtre d'un massacre de 2000 réfugiés fuyant les guerres de Vendée.